MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Escherichia coli SMS-3-5 plasmid pSMS35_8

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010485	TCA	2	6	254	259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650745
2	NC_010485	T	8	8	270	277	0 %	100 %	0 %	0 %	170650745
3	NC_010485	AGC	2	6	387	392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650745
4	NC_010485	CT	3	6	395	400	0 %	50 %	0 %	50 %	170650745
5	NC_010485	AGA	2	6	410	415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170650745
6	NC_010485	AGA	2	6	445	450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170650745
7	NC_010485	AC	3	6	482	487	50 %	0 %	0 %	50 %	170650745
8	NC_010485	AGT	2	6	755	760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170650750
9	NC_010485	TCTG	2	8	805	812	0 %	50 %	25 %	25 %	170650750
10	NC_010485	TGC	2	6	823	828	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650750
11	NC_010485	CTG	2	6	831	836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650750
12	NC_010485	TCT	2	6	896	901	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650750
13	NC_010485	GCT	2	6	959	964	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650750
14	NC_010485	CTG	2	6	1055	1060	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650750
15	NC_010485	TCC	2	6	1187	1192	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170650750
16	NC_010485	CAT	2	6	1254	1259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650750
17	NC_010485	TCCT	2	8	1288	1295	0 %	50 %	0 %	50 %	170650750
18	NC_010485	TGC	2	6	1297	1302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650750
19	NC_010485	CCT	2	6	1431	1436	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170650750
20	NC_010485	GTT	2	6	1443	1448	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170650750
21	NC_010485	CT	4	8	1472	1479	0 %	50 %	0 %	50 %	170650750
22	NC_010485	TTC	2	6	1550	1555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650750
23	NC_010485	CCG	2	6	1556	1561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170650750
24	NC_010485	TC	3	6	1656	1661	0 %	50 %	0 %	50 %	170650750
25	NC_010485	GTTTC	2	10	1713	1722	0 %	60 %	20 %	20 %	170650750
26	NC_010485	T	7	7	1952	1958	0 %	100 %	0 %	0 %	170650750
27	NC_010485	TCC	2	6	2008	2013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170650750
28	NC_010485	CGG	2	6	2014	2019	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170650750
29	NC_010485	TTC	2	6	2060	2065	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650750
30	NC_010485	CTT	2	6	2097	2102	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650750
31	NC_010485	CAG	2	6	2152	2157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650750
32	NC_010485	ATC	2	6	2210	2215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650750
33	NC_010485	GAC	2	6	2234	2239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650744
34	NC_010485	CT	4	8	2258	2265	0 %	50 %	0 %	50 %	170650744
35	NC_010485	CCA	2	6	2284	2289	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170650744
36	NC_010485	CAGC	2	8	2365	2372	25 %	0 %	25 %	50 %	170650744
37	NC_010485	CGG	2	6	2384	2389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170650744
38	NC_010485	CGC	2	6	2442	2447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170650744
39	NC_010485	GTT	2	6	2461	2466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170650744
40	NC_010485	TCA	3	9	2499	2507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650744
41	NC_010485	A	6	6	2604	2609	100 %	0 %	0 %	0 %	170650749
42	NC_010485	GCT	2	6	2653	2658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650749
43	NC_010485	CAG	2	6	2859	2864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650741
44	NC_010485	CTCA	2	8	3092	3099	25 %	25 %	0 %	50 %	170650741
45	NC_010485	A	6	6	3159	3164	100 %	0 %	0 %	0 %	170650743
46	NC_010485	C	6	6	3215	3220	0 %	0 %	0 %	100 %	170650743
47	NC_010485	C	6	6	3296	3301	0 %	0 %	0 %	100 %	170650743
48	NC_010485	TG	3	6	3449	3454	0 %	50 %	50 %	0 %	170650743
49	NC_010485	C	6	6	3461	3466	0 %	0 %	0 %	100 %	170650743
50	NC_010485	TAC	2	6	4004	4009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650742
51	NC_010485	A	6	6	4012	4017	100 %	0 %	0 %	0 %	170650742
52	NC_010485	TTTG	2	8	4021	4028	0 %	75 %	25 %	0 %	170650742
53	NC_010485	TA	6	12	4045	4056	50 %	50 %	0 %	0 %	170650742
54	NC_010485	A	6	6	4066	4071	100 %	0 %	0 %	0 %	170650742
55	NC_010485	TAT	2	6	4082	4087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170650742
56	NC_010485	T	6	6	4172	4177	0 %	100 %	0 %	0 %	170650742
57	NC_010485	AAAG	2	8	4186	4193	75 %	0 %	25 %	0 %	170650742
58	NC_010485	T	6	6	4195	4200	0 %	100 %	0 %	0 %	170650742
59	NC_010485	AGAAAA	2	12	4202	4213	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	170650742
60	NC_010485	A	6	6	4210	4215	100 %	0 %	0 %	0 %	170650742
61	NC_010485	AAT	2	6	4220	4225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170650742
62	NC_010485	TTTG	2	8	4269	4276	0 %	75 %	25 %	0 %	170650742
63	NC_010485	AAT	2	6	4325	4330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170650742
64	NC_010485	CAT	2	6	4344	4349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650746
65	NC_010485	AGCA	2	8	4435	4442	50 %	0 %	25 %	25 %	170650746
66	NC_010485	ACA	2	6	4457	4462	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170650746
67	NC_010485	TAAC	2	8	4466	4473	50 %	25 %	0 %	25 %	170650746
68	NC_010485	TCT	2	6	4491	4496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650746
69	NC_010485	CAT	2	6	4560	4565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650746
70	NC_010485	AGC	2	6	4723	4728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650746
71	NC_010485	TTCA	2	8	4735	4742	25 %	50 %	0 %	25 %	170650746
72	NC_010485	TTC	2	6	4906	4911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650746
73	NC_010485	ATT	3	9	4945	4953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170650746
74	NC_010485	TGTTTT	2	12	5030	5041	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	170650746
75	NC_010485	TCC	2	6	5042	5047	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170650746
76	NC_010485	CGTC	2	8	5065	5072	0 %	25 %	25 %	50 %	170650746
77	NC_010485	TGG	2	6	5076	5081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170650746
78	NC_010485	A	6	6	5087	5092	100 %	0 %	0 %	0 %	170650746
79	NC_010485	GAC	2	6	5094	5099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650746
80	NC_010485	T	6	6	5131	5136	0 %	100 %	0 %	0 %	170650746
81	NC_010485	TCA	2	6	5144	5149	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650746
82	NC_010485	GCA	3	9	5297	5305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650746
83	NC_010485	T	7	7	5309	5315	0 %	100 %	0 %	0 %	170650746
84	NC_010485	TTCA	2	8	5341	5348	25 %	50 %	0 %	25 %	170650746
85	NC_010485	TGC	2	6	5350	5355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650746
86	NC_010485	CTTCAG	2	12	5367	5378	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	170650746
87	NC_010485	CGT	2	6	5429	5434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650746
88	NC_010485	CCT	2	6	5442	5447	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170650746
89	NC_010485	CTT	2	6	5472	5477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650746
90	NC_010485	TCT	2	6	5489	5494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650746
91	NC_010485	CTGC	2	8	5523	5530	0 %	25 %	25 %	50 %	170650746
92	NC_010485	ATT	2	6	5539	5544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170650746
93	NC_010485	TTTGCT	2	12	5639	5650	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	170650746
94	NC_010485	CTGC	2	8	5694	5701	0 %	25 %	25 %	50 %	170650746
95	NC_010485	TTC	2	6	5705	5710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170650746
96	NC_010485	CCA	2	6	5780	5785	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170650746
97	NC_010485	CCG	2	6	5786	5791	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170650746
98	NC_010485	ATC	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170650746
99	NC_010485	CATGG	2	10	6172	6181	20 %	20 %	40 %	20 %	170650747
100	NC_010485	CA	3	6	6182	6187	50 %	0 %	0 %	50 %	170650747
101	NC_010485	GC	3	6	6244	6249	0 %	0 %	50 %	50 %	170650747
102	NC_010485	GGAC	2	8	6277	6284	25 %	0 %	50 %	25 %	170650747
103	NC_010485	CAG	2	6	6389	6394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650747
104	NC_010485	ACAGGC	2	12	6460	6471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650747
105	NC_010485	AGC	2	6	6525	6530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650747
106	NC_010485	CAGG	2	8	6532	6539	25 %	0 %	50 %	25 %	170650747
107	NC_010485	A	8	8	6552	6559	100 %	0 %	0 %	0 %	170650747
108	NC_010485	CGG	2	6	6687	6692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170650748
109	NC_010485	CTG	2	6	6712	6717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650748
110	NC_010485	AAC	2	6	6764	6769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170650748
111	NC_010485	ACA	2	6	6838	6843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170650748
112	NC_010485	ATG	2	6	6847	6852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170650748
113	NC_010485	T	6	6	6858	6863	0 %	100 %	0 %	0 %	170650748
114	NC_010485	GCA	2	6	6924	6929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650748
115	NC_010485	CAG	2	6	6937	6942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650748
116	NC_010485	ACTC	2	8	6965	6972	25 %	25 %	0 %	50 %	170650748
117	NC_010485	GCA	2	6	7007	7012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170650748
118	NC_010485	A	6	6	7027	7032	100 %	0 %	0 %	0 %	170650748
119	NC_010485	GCT	2	6	7038	7043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170650748

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.